O Ministério da Saúde contrariou parecer da própria pasta que recomendava a compra de seringas com entrega por frete aéreo para garantir que o país tivesse insumos suficientes a tempo para efetuar a vacinação contra Covid-19. De acordo com documentos do Ministério da Saúde, obtidos pelo jornal O Globo via Lei de Acesso à Informação, mostram que a previsão para a chegada da primeira remessa de entregas no país por via marítima é 25 de janeiro, quando seriam remetidas apenas 1,9 milhão de unidades, depois disso a próxima entrega só chegaria em março.  

Durante a negociação com a Organização Panamericana da Saúde (Opas) para a aquisição dos produtos, o Departamento de Imunização e Doenças Transmissíveis do órgão defendeu a manutenção da compra com entrega por avião, ainda que com preço maior, sob o argumento de que o mercado nacional poderia não conseguir suprir a demanda do Programa Nacional de Imunização no tempo previsto. Apesar do alerta, o departamento foi ignorado pela secretaria executiva da pasta, comandada pelo oficial do Exército Élcio Franco, "mesmo cientes das diferenças quanto ao tempo de entrega".

Em 16 de setembro, em despacho interno, o departamento argumentou pela continuidade das tratativas junto à Opas citando audiência pública feita com empresas nacionais do setor de vacinas ainda em fevereiro de 2020. Segundo o documento, a indústria brasileira relatava dificuldades em fornecer as quantidades necessárias ao PNI em curto espaço de tempo. Segundo o despacho, a aquisição por avião via Opas era "estratégica" tendo em vista a entrega de doses da vacina até janeiro de 2021.

Em 23 de outubro, mais de um mês após o parecer do departamento de imunizações, a secretaria executiva emitiu um despacho questionando os preços da aquisição por avião e determinando nova cotação. No texto, assinado pelo secretário executivo adjunto, Jorge Luiz Korman, que também é militar, a secretaria cita o parecer do departamento de imunização, mas argumenta que o preço oferecido pela Opas é muito superior ao previsto pelo governo. Perguntado pelo jornal sobre o assunto, o Ministério da Saúde não se posicionou sobre os acontecimentos.